Renforcement de la surveillance de maladies infectieuses en France à partir d'extraction automatisée de données biologiques issues de 3 laboratoires 3LABOS 3LABOS To Improve Infectious Disease Surveillance in France by Automated Biological Data Extraction from 3 Laboratories PEF8403 Portail Épidémiologie-France Portail Épidémiologie-France | Health Databases Portail Épidémiologie-France 2026 11/04/2026 https://epidemiologie-france.aviesan.fr/ Portail Épidémiologie-France Portail Epidemiologie-France Anne Doussin 14/03/2014 13/05/2015 22/07/2014 1 1 Anne Doussin 3LABOS - Renforcement de la surveillance de maladies infectieuses en France à partir d'extraction automatisée de données biologiques issues de 3 laboratoires 3LABOS - To Improve Infectious Disease Surveillance in France by Automated Biological Data Extraction from 3 Laboratories Renforcement de la surveillance de maladies infectieuses en France à partir d'extraction automatisée de données biologiques issues de 3 laboratoires 3LABOS 3LABOS To Improve Infectious Disease Surveillance in France by Automated Biological Data Extraction from 3 Laboratories Daniel Dubois InVS - Institut de veille - 12 Rue du Val d’Osne, 94415 Saint-Maurice Institut national de veille sanitaire (InVS) French Institute for Public Health Surveillance (InVS) Institut de veille Daniel Dubois Anne Doussin 14/03/2014 13/05/2015 22/07/2014 13/05/2015 1 1 Anne Doussin CNIL 1415428 v0 1415428 v0 Maladies infectieuses données tests laboratoires surveillance extraction automatisée infectious diseases laboratory test data automated extraction surveillance Maladies infectieuses Biologie Biology Infectious diseases Objectif de la base de données : Surveillance de maladies infectieuses par un transfert régulier et automatisé de résultats biologiques de laboratoires de biologie spécialisée vers l’InVS. Améliorer la surveillance de certaines maladies infectieuses déjà surveillées par un autre système : o Compléter les données de surveillance en provenance d’autres sources, et estimer l’exhaustivité (MDO notamment) • Mettre en place une surveillance pérenne pour des maladies non surveillées par ailleurs : o Suivre les tendances spatio-temporelles des agents pathogènes ciblés o Disposer de données individuelles o Contribuer à l’investigation des épidémies o Repérer zones de circulation active Database objective : Surveillance of infectious diseases through regular automated transfer of biological results from specialist biology laboratories to InVS. To improve the surveillance of certain infectious diseases already monitored by another system: o To supplement surveillance data from other sources and to estimate completeness (particularly MDO). • To implement a sustainable monitoring system for unmonitored diseases as well as: o Monitoring spatial and temporal trends of targeted pathogens; o Providing individual data; o Contributing to epidemic investigations; o Identifying active movement areas. 2012 Collecte des données active Current data collection France France France National individuel individuals Personnes ayant fait l’objet d’un prélèvement biologique pour une des pathologies suivantes : rougeole, chikungunya, dengue, tuberculose, syphilis, fièvre Q, encéphalite à tique, leptospirose, borréliose de Lyme, psittacose, toxoplasmose congénitale, (dossier Cnil en cours pour : hépatite E, hépatite A, rubéole, saturnisme, gonocoque, chlamydia) Individuals who have had biological samples taken for the following diseases: measles, chikungunya, dengue fever, tuberculosis, syphilis, Q fever, tick-borne encephalitis, leptospirosis, Lyme disease, psittacosis, toxoplasmosis. (CNIL file in progress for: hepatitis E, hepatitis A, rubella, lead poisoning, gonorrhoea and chlamydia). Nombre d'individus : --- Number of individuals: --- Recrutement via une sélection de services ou établissements de santé Recruiting through a selection of health institutions and services Nouveau-nés (naissance à 28j) Nourrissons (28j à 2 ans) Petite enfance (2 à 5 ans) Enfance (6 à 13 ans) Adolescence (13 à 18 ans) Adulte (19 à 24 ans) Adulte (25 à 44 ans) Adulte (45 à 64 ans) Personnes âgées (65 à 79 ans) Grand âge (80 ans et plus) Newborns (birth to 28 days) Infant (28 days to 2 years) Early childhood (2 to 5 years) Childhood (6 to 13 years) Adolescence (13 to 18 years) Adulthood (19 to 24 years) Adulthood (25 to 44 years) Adulthood (45 to 64 years) Elderly (65 to 79 years) Great age (80 years and more) Population générale General population Masculin Féminin Male Female Bases de données issues d’enquêtes Study databases Etudes longitudinales (hors cohortes) Longitudinal study (except cohorts) Données biologiques : Nom du labo, maladie, Résultats de tests laboratoires : sérologies, PCR etc. selon les maladies. Données administratives : Données patient : Code anonymat, date de naissance, sexe, code postal, identifiant de prélèvement Laboratoire : Raison sociale, adresse, code postal, commune, téléphone Prescripteur : Nom, prénom, adresse, code postal, commune, téléphone Biological data: Lab name, disease, laboratory test results: serology tests, CRP, etc. according to disease. Administrative data: Patient data: anonymity code, date of birth, sex, post code, sample identifier. Laboratory: company name, address, post code, municipality, phone. Prescriber: surname, first name, address, post code, municipality, phone. Consommation de soins/services de santé Autres Health care consumption and services Others Consultations (médicales/paramédicales) Medical/paramedical consultation Résultats de tests biologiques Biological test results. Procédures qualité utilisées : Contrôles de cohérence lors de la transmission de données, programmes statistiques Quality methods used: Time Series Daniel Dubois Selon la pathologie surveillée, une surveillance renforcée et des investigations peuvent avoir lieu autour de cas positifs en relation avec les cellules de l’InVS en région (Cires). Improved surveillance and investigations may be implemented for positive cases in relation to regional InVS units (CIREs), according to the monitored disease. Patients répondant aux critères d'inclusion Patients fulfilling the exclusion criteria. Extraction automatisée de données depuis 3 laboratoires vers l’InVS. Réception de fichiers par laboratoires et pathologie à fréquence déterminée (quotidienne ou mensuelle). Automated data extraction from 3 laboratories to InVS. Receipt of files per laboratory and disease at determined intervals (daily or monthly). Nom du labo, maladie, Résultats de tests laboratoires : sérologies, PCR etc. selon les maladies. Lab name, disease, laboratory test results: serology tests, CRP, etc. according to disease. Données patient : Code anonymat, date de naissance, sexe, code postal, identifiant de prélèvement Laboratoire : Raison sociale, adresse, code postal, commune, téléphone Prescripteur : Nom, prénom, adresse, code postal, commune, téléphone Patient data: anonymity code, date of birth, sex, post code, sample identifier. Laboratory: company name, address, post code, municipality, phone. Prescriber: surname, first name, address, post code, municipality, phone. Le code anonymat des individus de la base 3Labos est le même code utilisé pour la déclaration obligatoire. The individual anonymity code from the 3Labos database is the same code used for obligatory notification. Contacter le responsable scientifique / formulaire de demande de données à l’InVS Contact the scientist in charge/Send data request form to InVS. Contacter le responsable scientifique / formulaire de demande de données à l’InVS Contact the scientist in charge/Send data request form to InVS. Contacter le responsable scientifique / formulaire de demande de données à l’InVS Contact the scientist in charge/Send data request form to InVS. http://admin-epid-prod2.inserm.fr/en/layout/set/print